RAK JK může zřídit smírčí komisi k předcházení a řešení sporům mezi svými členy.
Při Agrární komoře ČR funguje jako stálý rozhodčí soud Rozhodčí soud při Hospodářské komoře České republiky a Agrární komoře České republiky jako nezávislý orgán pro rozhodování sporů nezávislými rozhodci podle předpisů o rozhodčím řízení. Rozhodčí soud rozhoduje majetkové spory podle zvláštního zákona.